Bookends es una aplicación para Mac OS X, pensada para investigadores. Bookends permite importar referencias desde EndNote, desde PDFs o documentos en nuestro disco duro, o directamente desde la Web a través de PubMed, Web of Science, Google Scholar, JSTOR, Amazon y muchas otras fuentes, incluyendo la descarga de PDFs cuando sea posible, y organizar, registrar y citar estas fuentes en la misma aplicación.

Mendeley hace algo más que organizar y compartir referencias y documentos. De hecho, hace mucho más. Mendeley es una aplicación de escritorio y web para Linux, Mac y Windows que extrae la información bibliográfica directamente de los documentos PDF que queramos para componer una base de datos bibliográfica que luego podemos exportar al formato deseado, y que podemos compartir con el grupo de colegas que designemos (muy útil para grupos de investigación) o con la comunidad Mendeley.

Zotero es una extensión de Firefox para almacenar, organizar, citar y compartir fuentes de investigación. Zotero no solo permite almacenar artículos académicos, sino también páginas web, imágenes, enlaces... Una característica especialmente útil para la investigación actual, cada vez más pendiente de fuentes no exclusivamente académicas.

CiteULike es un servicio online para almacenar y organizar las referencias y documentos PDF encontrados en la Web. Asimismo, permite compartirlos con compañeros, amigos y colegas, encontrar a gente con intereses comunes (por ejemplo, quién está leyendo este artículo que tanto me interesa, y saber qué otras cosas ha leído esa persona), y todo ello con una interfaz intuitiva, fácil de manejar, y accesible desde cualquier lugar con conexión a Internet.

Connotea es uno de los sistemas para organizar y compartir referencias más extendidas. Gran facilidad de uso, interfaz simple y elegante, potentes herramientas, posibilidad de aplicación a cualquier contenido de Internet: éstas y otras virtudes hacen de Connotea una herramienta muy útil para optimizar nuestro trabajo académico.

Scribd es, por decirlo de una forma resumida e ilustrativa, el YouTube de los documentos escritos. Podemos subir cualquier documento que deseemos (Word, PDF, PowerPoint): Scribd lo transforma en un archivo web (iPaper) que se puede ver en línea, desde cualquier lugar, en cualquier momento; y por supuesto, compartirlo con quien deseemos. Aunque no está directamente orientado a los trabajos académicos, sino a cualquier tipo de documento escrito, su flexibilidad e inespecificidad ofrecen infinidad de aplicaciones y ventajas para la investigación científica.

Bibsonomy es un sistema para compartir y organizar marcadores y listas de literatura. Almacena las publicaciones que deseemos en su servidor para que podamos acceder a ellas desde cualquier parte, permite añadir etiquetas para localizarlas más fácilmente, sugiere entradas similares, y facilita la comunicación entre usuarios y grupos con intereses comunes.

Papers es una aplicación de pago para Mac OS X, especialmente diseñada para investigadores, que permite organizar en una biblioteca personal todos nuestros documentos y artículos de investigación de una forma sencilla e intuitiva. Se acabaron las interminables búsquedas en carpetas y directorios de nuestro disco duro para localizar un artículo o autor: Papers ofrece potentes herramientas de búsqueda, etiquetas y colecciones para que encontrar un artículo no nos lleve más que unos segundos.

Box.net es un servicio con muchos años en el mercado del almacenamiento online, y sus contantes mejoras e integración con otros servicios web (como Picnik o Google Docs) hacen de este una de los referentes en cuanto a el almacenamiento y distribución de documentos. Es decir, actuar como un almacén de ficheros pero sin ser estático. Esto permite a cualquier aplicación no tener que almacenar los ficheros en su propio servidor sino en los de Box.net. Lo cual, lo hace una herramienta ideal para alojar archivos de portafolios electrónicos.